Klasteriranje varijabli - verzija 2
Učitavanje paketa
require(XLConnect)
require(ClustOfVar)
require(ggplot2)
require(reshape2)Učitavanje podataka i dodavanje varijabli
podaci.original <- readWorksheetFromFile(file="analiza_Petrica_4.xlsx", sheet=1, header=T)
podaci.original[is.na(podaci.original)] <- 0
podaci.original <- within(podaci.original,{
br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud <- broj_forum_diskusija_bez_vijesti / broj_studenata
br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij <- broj_forum_postova_bez_vijesti / (1 + broj_forum_diskusija_bez_vijesti)
})Logaritmiranje varijabli koje poprimaju više od 10 različitih vrijednosti
number_of_values <- list()
for (i in names(podaci.original[-(1:3)])) number_of_values[[i]] <- length(unique(podaci.original[[i]]))X.quanti <- c()
X.quali <- c()logaritam <- function(x) log10(x+1)
podaci.logaritam <- podaci.original[-(4:5)]
for (i in names(podaci.original[-(1:5)])) {
if (number_of_values[[i]] > 10) podaci.logaritam[i] <- apply(podaci.original[i], 2, logaritam)
if (number_of_values[[i]] > 3) X.quanti <- append(X.quanti, i) else X.quali <- append(X.quali, i)
}Standardizacija podataka
podaci.standard <- podaci.logaritam
podaci.standard[-(1:3)] <- scale(podaci.logaritam[-(1:3)])Hijerarhijsko klasteriranje varijabli
podaci.standard[,X.quali] <- data.frame(apply(podaci.standard[X.quali], 2, as.factor))
stablo <- hclustvar(podaci.standard[,X.quanti], podaci.standard[,X.quali])plot(stablo)
plot(stablo,type='index')
Stabilnost particije
S \(B>15\) ponekad ima više problema jer generira iste stupce pa treba pokušati više puta.
stab <- stability(stablo,B=25, graph=T)
Raspršenost prilagođenih Rand indeksa
Obični boxplot
boxplot(stab$matCR, col='yellow')
ggplot boxplot
ggplot(melt(stab$matCR), aes(y=value, x=Var2, fill=Var2)) + xlab('') + ylab('') +
geom_boxplot(alpha=0.5, outlier.alpha=1) + theme(legend.position = 'none')
Raspršenost prilagođenih Rand indeksa (samo do 10 klastera)
Obični boxplot
boxplot(stab$matCR[,1:9], col='yellow')
ggplot boxplot
ggplot(melt(stab$matCR[,1:9]), aes(y=value, x=Var2, fill=Var2)) + xlab('') + ylab('') +
geom_boxplot(alpha=0.5, outlier.alpha=1) + theme(legend.position = 'none')
Uzimamo da je 6 klastera
klaster6 <- cutreevar(stablo, 6, matsim=T) Veličine klastera
klaster6$size## [1] 7 8 2 2 5 2Izgled pojedinih klastera
klaster6$var## $cluster1
## squared loading
## broj_forum_diskusija 0.6805986
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.8745788
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.9314030
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.1383815
## forum 0.4720894
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.6233271
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.5348867
##
## $cluster2
## squared loading
## broj_pitanja_na_predmetu 0.7541720
## broj_testova_na_predmetu 0.7634358
## broj_grade_itema 0.7844071
## broj_aktivnosti_na_predmetu 0.6582544
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 0.5119125
## quiz 0.7652761
## page 0.3556373
## assign 0.3962607
##
## $cluster3
## squared loading
## broj_pracenih_aktivnosti_na_predmetu 0.9627827
## ukljuceno_pracenje_na_kolegiju 0.9627827
##
## $cluster4
## squared loading
## broj_pojmova_u_rjecniku 0.8425786
## broj_rjecnika_u_kojima_sudjeluju_studenti 0.8425786
##
## $cluster5
## squared loading
## broj_punih_grupa 0.5922533
## feedback 0.5556309
## choicegroup 0.6265659
## journal 0.2696381
## workshop 0.7231716
##
## $cluster6
## squared loading
## chat 0.7591177
## data 0.7591177Homogenost klastera
klaster6$wss## [1] 4.255265 4.989356 1.925565 1.685157 2.767260 1.518235Postotak homogenosti particije
klaster6$E## [1] 50.15274Matrice sličnosti varijabli unutar klastera
klaster6$sim## $cluster1
## broj_forum_diskusija
## broj_forum_diskusija 1.0000000
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.5221700
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.5046018
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.5445937
## forum 0.1763942
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.2600133
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.2403181
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti
## broj_forum_diskusija 0.52217004
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 1.00000000
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.91509016
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.03174528
## forum 0.36363368
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.43017361
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.51825480
## broj_forum_postova_bez_vijesti
## broj_forum_diskusija 0.50460177
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.91509016
## broj_forum_postova_bez_vijesti 1.00000000
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.04624151
## forum 0.36793384
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.70608452
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.46891383
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti
## broj_forum_diskusija 0.5445936534
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.0317452789
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.0462415100
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 1.0000000000
## forum 0.0068240720
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.0488202756
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.0000194174
## forum
## broj_forum_diskusija 0.176394189
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.363633680
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.367933842
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.006824072
## forum 1.000000000
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.233765711
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.201591130
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij
## broj_forum_diskusija 0.26001330
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.43017361
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.70608452
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.04882028
## forum 0.23376571
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 1.00000000
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 0.18044722
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud
## broj_forum_diskusija 0.2403181353
## broj_forum_diskusija_bez_vijesti 0.5182548044
## broj_forum_postova_bez_vijesti 0.4689138333
## broj_forum_diskusija_samo_vijesti 0.0000194174
## forum 0.2015911304
## br_for_post_bez_vij_kroz_br_for_disk_bez_vij 0.1804472187
## br_for_disk_bez_vijesti_kroz_br_stud 1.0000000000
##
## $cluster2
## broj_pitanja_na_predmetu
## broj_pitanja_na_predmetu 1.0000000
## broj_testova_na_predmetu 0.7641184
## broj_grade_itema 0.3895632
## broj_aktivnosti_na_predmetu 0.3901420
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 0.2669706
## quiz 0.7491235
## page 0.2622591
## assign 0.1101341
## broj_testova_na_predmetu broj_grade_itema
## broj_pitanja_na_predmetu 0.76411835 0.3895632
## broj_testova_na_predmetu 1.00000000 0.4115074
## broj_grade_itema 0.41150737 1.0000000
## broj_aktivnosti_na_predmetu 0.30957640 0.5522471
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 0.25137240 0.5160956
## quiz 0.97865717 0.4267727
## page 0.25204333 0.1444383
## assign 0.08494653 0.6710231
## broj_aktivnosti_na_predmetu
## broj_pitanja_na_predmetu 0.3901420
## broj_testova_na_predmetu 0.3095764
## broj_grade_itema 0.5522471
## broj_aktivnosti_na_predmetu 1.0000000
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 0.3006252
## quiz 0.3048576
## page 0.2839175
## assign 0.3213800
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka quiz
## broj_pitanja_na_predmetu 0.26697056 0.74912355
## broj_testova_na_predmetu 0.25137240 0.97865717
## broj_grade_itema 0.51609564 0.42677275
## broj_aktivnosti_na_predmetu 0.30062518 0.30485758
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 1.00000000 0.26034183
## quiz 0.26034183 1.00000000
## page 0.03346099 0.24950822
## assign 0.27644337 0.08578442
## page assign
## broj_pitanja_na_predmetu 0.26225914 0.11013406
## broj_testova_na_predmetu 0.25204333 0.08494653
## broj_grade_itema 0.14443835 0.67102307
## broj_aktivnosti_na_predmetu 0.28391754 0.32137995
## broj_stvarno_ocjenjenih_stavaka 0.03346099 0.27644337
## quiz 0.24950822 0.08578442
## page 1.00000000 0.06373589
## assign 0.06373589 1.00000000
##
## $cluster3
## broj_pracenih_aktivnosti_na_predmetu
## broj_pracenih_aktivnosti_na_predmetu 1.0000000
## ukljuceno_pracenje_na_kolegiju 0.8566713
## ukljuceno_pracenje_na_kolegiju
## broj_pracenih_aktivnosti_na_predmetu 0.8566713
## ukljuceno_pracenje_na_kolegiju 1.0000000
##
## $cluster4
## broj_pojmova_u_rjecniku
## broj_pojmova_u_rjecniku 1.0000000
## broj_rjecnika_u_kojima_sudjeluju_studenti 0.4694403
## broj_rjecnika_u_kojima_sudjeluju_studenti
## broj_pojmova_u_rjecniku 0.4694403
## broj_rjecnika_u_kojima_sudjeluju_studenti 1.0000000
##
## $cluster5
## broj_punih_grupa feedback choicegroup journal
## broj_punih_grupa 1.0000000 0.162268675 0.263277644 0.130402937
## feedback 0.1622687 1.000000000 0.550014219 0.002526958
## choicegroup 0.2632776 0.550014219 1.000000000 0.004839906
## journal 0.1304029 0.002526958 0.004839906 1.000000000
## workshop 0.3005885 0.214872855 0.247431654 0.433656958
## workshop
## broj_punih_grupa 0.3005885
## feedback 0.2148729
## choicegroup 0.2474317
## journal 0.4336570
## workshop 1.0000000
##
## $cluster6
## chat data
## chat 1.000000 0.268568
## data 0.268568 1.000000